在奶酪桥镇的深夜，小特鲁肖家的婴儿神秘失踪。灭虫专家阿奇博尔德·斯纳奇（本·金斯利饰）向波特里-林德勋爵（杰瑞德·哈里斯饰）发出警告：名为盒子怪的生物不仅偷走孩子，更可能威胁全镇奶酪储备。当勋爵听闻心爱的奶酪可能遭殃，立即批准斯纳奇的剿灭行动——而这位野心家索要的报酬，正是象征上流社会身份的白帽子。
这些昼伏夜出的小生物其实无害，它们以废旧纸箱为家，用零件名称相互称呼。当名为"鱼罐头"的盒子怪捡到破旧泰迪熊时，谁也没想到这个玩具会揭开惊天秘密。与此同时，斯纳奇率领的红帽子剿怪队正展开地毯式搜捕，成员包括神经质的皮克斯（理查德·艾欧阿德饰）、憨厚的鳟鱼（尼克·弗罗斯特饰）以及癫狂的砂砾（崔西·摩根饰）。
地下洞穴里，盒子怪们抚养着人类弃婴"蛋仔"（艾萨克·赫普斯戴德-怀特饰）。十年光阴让婴儿长成少年，却始终认为自己与盒子怪同类。直到某次地面行动中，蛋仔撞见了勋爵之女温妮（艾丽·范宁饰）。这个满嘴"男孩"称呼他的女孩，彻底动摇了蛋仔的自我认知。追捕中失去同伴的惨痛经历，迫使蛋仔开始质疑自己究竟属于哪个世界。
温妮偶然闯入盒子怪巢穴，发现这些"食人怪物"竟在修补她的发条玩具。当蛋仔得知自己可能是当年失踪的特鲁肖之子时，温妮为他举行了一场荒诞又温馨的"人类改造仪式"——用垃圾桶盖当礼帽，拿齿轮做怀表。这场身份认知的喜剧在贵族晚宴达到高潮：首次品尝奶酪的蛋仔当众呕吐，却意外撞破浓妆艳抹的斯纳奇正是歌剧名伶"芙劳夫人"。
最终对决在机械巨兽的轰鸣中展开。被倒吊十年的特鲁肖先生（西蒙·佩吉饰）神志不清地认出儿子，盒子怪们用自制武器对抗钢铁怪物。当斯纳奇因奶酪过敏肿成气球状怪物时，温妮带领镇民见证了真相：真正可怕的从不是地底生物，而是人类膨胀的欲望。那个为白帽子痴狂的反派，最终在极致美味奶酪的爆炸中化为星空下的烟花。
故事尾声，盒子怪与人类在晨光中达成和解。蛋仔驾着父亲发明的机械马车穿梭街道，温妮的冒险故事被印成童书，而执着的"皮鞋"盒子怪仍坚持每晚收集三颗完美铆钉——这个蒸汽朋克童话最终告诉我们：差异从不是隔阂的理由，偏见才是最大的怪物。
（以下为中文版本）
奶酪桥镇的夜幕降临之际，特鲁肖家的婴儿在众目睽睽之下离奇消失。灭虫专家阿奇博尔德·斯纳奇向当权者波特里-林德勋爵进言：那些被称为盒子怪的生物不仅偷走婴儿，更将魔爪伸向了全镇的奶酪储备。当勋爵听到心爱的奶酪可能遭殃，立即签署了剿灭令——而这场交易的筹码，正是象征贵族身份的白帽子。
这些夜间活动的生物其实温顺无害，它们以纸箱为盔甲，用零件名称作为代号。当名叫"鱼罐头"的盒子怪拾获破损的泰迪熊时，没人料到这个玩具将成为揭开身世之谜的钥匙。与此同时，斯纳奇率领的红帽子剿怪队展开全面清剿，队伍里既有疑神疑鬼的皮克斯，也有总在吃零食的鳟鱼，更有疯癫成性的砂砾。
在地底迷宫般的巢穴里，盒子怪们抚养着人类弃婴"蛋仔"。十年光阴让婴孩成长为少年，他却始终坚信自己与盒子怪别无二致。直到某次地面行动中，蛋仔遇见了勋爵之女温妮。这个反复强调他是"人类男孩"的姑娘，像一束光刺破了蛋仔多年的认知迷雾。亲眼目睹同伴被捕的惨剧，迫使少年开始思考自己真实的归属。
当温妮误入盒子怪巢穴，她震惊地发现这些"吃人怪物"正在修复她的八音盒。身世之谜揭晓时刻，温妮为蛋仔举办了令人捧腹的"人类改造仪式"——用铁皮桶当礼帽，齿轮串作怀表链。这场认知革命在贵族晚宴达到戏剧高潮：首次尝试奶酪的蛋仔当场出糗，却意外撕下歌剧明星"芙劳夫人"的面具——那分明是斯纳奇假扮的。
终极决战在机械巨兽的咆哮中拉开帷幕。被倒吊十年的特鲁肖先生虽神志不清，却仍认出了自己的骨肉。盒子怪们用自制的古怪武器对抗钢铁怪物。当斯纳奇因奶酪过敏肿胀成气球怪时，温妮带领镇民看清真相：真正可怕的从来不是地底生物，而是人类无止境的贪婪。那个为白帽子疯魔的反派，最终在品尝传说级奶酪时炸成漫天光点。
故事尾声，晨光照耀下两个种族握手言和。蛋仔驾驶着父亲设计的机械马车穿梭街巷，温妮将冒险经历写成童话书，而固执的"皮鞋"盒子怪依旧每夜搜寻着完美的金属零件——这部蒸汽朋克寓言最终宣告：差异本不该成为藩篱，唯有偏见才是世间最可怖的怪物。