黑暗笼罩的画面中，虫鸣声渐弱，最终归于死寂——与片名卡同步的静默瞬间，揭开了这段信仰与背叛的史诗。镜头切换至山间，日本信徒正遭受同胞酷刑，费雷拉神父（连姆·尼森饰）凝视着这一切，画外音平静而沉重。滚烫的温泉水通过漏勺泼洒在受刑者裸露的躯体上，水花四溅加剧痛苦，随后他们被钉上木架。但费雷拉告诉我们，这些17世纪日本基督徒视殉道为荣耀，他们用鲜血证明信仰的坚不可摧。
时间跳转至1637年。葡萄牙耶稣会士罗德里格兹（安德鲁·加菲尔德饰）与加佩（亚当·德赖弗饰）收到导师费雷拉的绝笔信，信使瓦里尼亚诺神父（塞伦·希德饰）宣称费雷拉已为逃避酷刑而叛教，如今在日本娶妻定居。两位年轻神父拒绝相信——那个曾以坚定信仰感染众人的精神领袖，怎会屈服于暴力？他们奉命潜入日本秘密传教，同时决心查明真相。
在政府官员井上筑后守的残酷镇压下，日本已对基督徒关闭国门。向导吉次郎（洼冢洋介饰）酗酒落魄地蜷缩在船舱，这个声称自己非基督徒的浪人，却在不经意间泄露了祷告词。当船队抵达日本海岸，吉次郎眼中闪过的惶恐，暗示着这个角色背后隐藏的悲剧。
深山炭窑成为神父们的避难所。当地信徒设计精妙的暗号系统：特定节奏的拐杖叩门声是安全信号。罗德里格兹将自制十字架分赠信徒，一串念珠被拆解成无数信仰火种。吉次郎在闪回场景中袒露往事：当家人因拒绝践踏圣像被火刑处死时，唯有他选择了背叛信仰求生。这个充满挣扎的告解者形象，成为全片最复杂的人物注脚。
平静很快被打破。武士集团以人质胁迫村民叛教，罗德里格兹建议他们表面妥协。但当权者得寸进尺要求亵渎圣母时，信仰的底线开始显现——三名俘虏中仅吉次郎再次屈服，另两位信徒被潮水慢慢淹没。神父在礁石上目睹这一切，上帝的沉默第一次动摇了他的信念。
分离后的罗德里格兹遭遇连环背叛。他在溪边俯身饮水，水面倒影竟幻化为与自己同样憔悴的基督面容。这超现实瞬间被官兵包围的残酷现实打破——向导吉次郎再次为银币出卖了他。囚室中，井上筑后守抛出著名的“四妾论”：“若我有四位妻妾，是否该执着最丑陋的那个？”暗喻基督教在日本土壤的水土不服。
高潮在长崎海边达到极致。裹着草席的信徒被推入怒海，加佩神父试图营救却一同溺亡。当罗德里格兹终于见到沦为佛教徒的费雷拉时，导师展示了耳后那道象征皈依的伤疤——倒吊粪坑的酷刑如何让鲜血与污秽侵蚀信仰。最震撼的是囚室夜晚：此起彼伏的鼾声实为倒吊受刑者的呻吟，而神父曾误以为这是安宁的沉睡。
最终，当罗德里格兹的靴底悬在圣像上方时，他听见了沉默两百分钟的神谕：“踏上来吧，我降世正是为分担人类的苦难。”木刻基督像碎裂的刹那，信仰完成了最悖论的救赎——通过背叛来实现对信徒的拯救。四十年后，佛教徒“叛教者保罗”的遗体火化时，掌中紧握的十字架在烈焰中闪耀，这个震撼的结尾让沉默震耳欲聋。
这部改编自远藤周作文学奖作品的电影，用极简主义的镜头语言探讨了信仰的本质。当西方传教士遭遇东方禅宗的“无”之哲学，当个体意志碰撞集体主义传统，沉默成为最锋利的拷问。那些海潮中的殉道者、反复背叛的吉次郎、最终选择“形式叛教”的神父，共同构成了一幅关于信仰韧性的史诗画卷。