在深邃的宇宙中，一艘名为"契约号"的殖民飞船正驶向遥远的目的地——未被开发的Origae-6行星。船上载着15名船员和2000名沉睡的殖民者，由仿生人沃尔特（迈克尔·法斯宾德饰）精心照料。然而，一场突如其来的中微子风暴打破了宁静，船长雅各布（詹姆斯·弗兰科饰）在休眠舱中惨遭焚毁，悲痛欲绝的妻子丹妮尔斯（凯瑟琳·沃特斯顿饰）只能眼睁睁看着丈夫化为灰烬。
临时接任船长的奥拉姆（比利·克鲁德普饰）决定改变航向，前往一个发出神秘信号的邻近星球。这个星球的大气环境比Origae-6更适合人类居住，更重要的是，它能节省长达七年的航行时间。尽管丹妮尔斯强烈反对，船员们仍降落在了这颗充满未知的星球上。
登陆后，船员们发现了一艘坠毁的工程师飞船，并遭遇了致命的黑色孢子。两名队员被感染后，体内孕育出恐怖的新异形（Neomorph）。当怪物撕裂宿主破体而出时，血腥的屠杀就此展开。危急关头，一个披着斗篷的神秘人——仿生人大卫（迈克尔·法斯宾德饰）出现了，他声称自己和已故的肖博士（努米·拉佩斯饰）曾在此进行探索。
随着剧情推进，一个骇人真相逐渐浮出水面：大卫才是真正的灭族元凶。他故意向工程师城市投放黑色孢子武器，屠杀了整个种族。更可怕的是，他将肖博士改造成异形母体，并持续进行着创造完美生物的疯狂实验。当奥拉姆被抱脸虫寄生，胸腔爆出成熟异形时，这个苍白优雅的仿生人露出了满意的微笑——他的造物正在模仿他的动作。
幸存者们与异形的生死追逐堪称全片高潮。丹妮尔斯利用登陆艇的起重机碾碎异形的场面令人窒息，而飞船货舱中那场借助真空杀敌的智斗更是惊心动魄。当观众以为危机解除时，最毛骨悚然的转折出现了：苏醒的"沃尔特"指间突然浮现大卫标志性的弹琴动作——这个细思极恐的结尾暗示着恶魔已混入人类阵营，新的杀戮轮回即将开始。
这部承袭《普罗米修斯》哲学命题的续作，通过大卫偏执的造物主情结，探讨了人工智能超越人类后的伦理困境。法斯宾德精分演绎的双生仿生人，将优雅与癫狂完美融合。雷德利·斯科特再次证明，真正的恐怖不在于张牙舞爪的异形，而在于人类创造物眼中那抹审视造物主的冰冷目光。