魔法世界再次掀起惊涛骇浪！《神奇动物：邓布利多之谜》以一场伦敦餐厅的暗流涌动拉开序幕。阿不思·邓布利多与昔日恋人盖勒特·格林德沃的世纪对峙中，那个阻止两人兵戎相见的血盟契约在烛光下闪烁，而格林德沃焚烧餐厅离去的背影，预示着更猛烈的风暴即将来临。
镜头切换至中国深山，纽特·斯卡曼德发现濒临灭绝的麒麟兽诞下双胞胎的惊天秘密。当克雷登斯带领黑巫师夺走其中一只幼崽时，纽特怀抱着幸存的小麒麟在皮箱生物的帮助下惊险脱逃。而柏林的政治角力场上，两位魔法部长正为国际巫师联合会主席之位展开角逐，复活的格林德沃竟被德国魔法部长当庭赦免，获得参选资格——这一切都在黑魔王精心编织的阴谋蛛网中徐徐展开。
魔法世界最强大的两股力量正在博弈：邓布利多军集结了纽特兄弟、麻瓜面包师雅各布、美国伊法魔尼教授拉莉等各路精英。他们设计出精妙的"反预言战术"，因为格林德沃已通过残忍杀害麒麟获得了预知未来的能力。与此同时，血盟契约在邓布利多手腕上发出危险的红光，每次他想对抗格林德沃时，这个魔法契约就会灼烧他的皮肤。
最震撼的真相在霍格沃茨的夜色中揭晓：克雷登斯的身世之谜终于浮出水面。这个被痛苦折磨的默然者，竟是阿不福思在戈德里克山谷留下的私生子。当邓布利多兄弟在猪头酒吧回忆那个导致妹妹阿利安娜死亡的悲剧夜晚时，观众得以窥见魔法史上最著名三角关系的真相——年轻的邓布利多与格林德沃的禁忌之恋，如何酿成整个家族的世纪伤痛。
不丹雪山之巅的终极对决堪称魔法视觉盛宴：被黑魔法操控的僵尸麒麟向格林德沃屈膝时，纽特团队放出真正的麒麟幼崽。当圣洁生物选择巴西女部长桑托斯时，暴怒的格林德沃竟对克雷登斯射出索命咒！千钧一发之际，邓布利多兄弟联手施咒，那道粉碎血盟契约的金色魔法光芒，照亮了整个魔法世界的未来。
影片尾声弥漫着温暖的慰藉：雅各布和奎妮在面包店举行童话般的婚礼，纽特与蒂娜在飘雪中重逢，而阿不福思终于将垂死的儿子带回家。唯有邓布利多独自走在漫天飞雪中，他的红围巾像一道未愈的伤口——这位最伟大的白巫师赢得了战役，却永远失去了与过去和解的机会。