在某个工业地带，陆续出现了怪兽的异象！弦人队长率领SKaRD进行迎击，成功打倒了一波又一波的怪兽。SKaRD怀疑这与该地区进行怪兽残骸处理和研究的先进化学企业「尼克罗玛斯公司」有关，于是急行前往该公司进行调查。该公司是一家由世界著名的化学研究者马布塞博士担任最高运营者的企业。
尼克罗玛斯公司的研究所正在开发一种能够实现与生命根源相关的长生不老物质「达姆特辛」，据说即将完成。然而，在这个关键时刻，突然出现了自称「宇宙霸者」的神秘宇宙人「达姆诺星人」！并且，从被破坏的容器中泄露的达姆特辛物质吞噬了研究所的怪兽样本，诞生了可怕的巨大怪兽——妖骸魔兽贡吉尔冈。此刻，以日本首都为舞台，布莱泽奥特曼、SKaRD与巨大怪兽将展开激烈的对决！