『シャアの反乱』から３年、ジオン共和国の自治権放棄を数年後に控え、一年戦争から続く戦乱の世は、表面上には平穏を取り戻しているかのように見えた。 工業コロニー〈インダストリアル７〉に住む少年バナージ・リンクスは、ある日、オードリー・バーンと名乗る謎の少女と出会う。 ビスト財団とネオ・ジオン残党組織『袖付き』による『ラプラスの箱』の取引を止めようと、単身行動を起こしたという彼女に対し、協力するバナージ。だが、同じく取引の阻止のため乗り込んだ地球連邦軍と『袖付き』との戦闘により、コロニーは戦場と化してしまう。 オードリーを探して戦火を走り抜けるバナージは、『ラプラスの箱』の鍵となる純白のモビルスーツ、ユニコーン ガンダムとの運命的な出会いを果たす。 『ラプラスの箱』とは何か―。『箱』の抱く秘密とは何か―。今、宇宙世紀百年の呪いが解かれようとしていた。