冬树和KERORO小队一同去印加帝国的遗迹马丘比丘观光。冬树一向喜欢神秘事物，到了那里非常兴奋，而KERORO则依然满脑子想着如何侵略地球。他们在那里发现了一个未被开发的古代迷宫，但因为中了陷阱不得不仓皇离开，没能尽兴地探查一番。就在脱离迷宫的一刹那，冬树看到了一个少女的身影。回到东京之后，冬树依然记挂着在迷宫中看到的神秘少女。不料，还没来得及展开调查，强大的敌人出现在了他们面前——外表和KERORO简直一模一样的“暗黑KERORO”。头脑冷静、手腕犀利的暗黑KERORO率领优秀的部下JIVAVA、DORURU和MIRURU，迅速展开了地球侵略计划。面对前所未有的强敌，KERORO小队出发迎击！