简介：2044年，外星人克朗大肆入侵地球，地球人难以招架，就连莱昂纳多和米开朗基罗率领的忍者神龟家族也不幸战死。莱昂纳多和米开朗基罗死前把学生凯西·琼斯传送到过去，让凯西寻找传送门的钥匙，提前阻止克朗入侵。然而这个计划十分危险，早在凯西行动之前，他的同门师兄弟里奥和米奇就已经付出了性命。虽然危险，凯西还是成功回到过去，来到许瑞德被打败的第二年。来到过去，里奥打破了多纳太罗手托最多比萨饼盒走路的纪录，拉斐尔向里奥、多纳太罗和米奇发来警报，说河马催眠师和沃伦·史东正在进行盗窃行动，目标包括凯西正在寻找的时空门钥匙。听到消息后，神龟家族立马前去阻止，但被对手脚族抢先一步夺走钥匙。回到神龟的新总部，众人商讨对付脚族的计划，拉斐尔看不惯里奥日益膨胀的心态，与他吵了起来。就在这个时候，凯西去找爱普莉尔·奥尼尔帮忙，爱普莉尔被凯西戴着面具的模样吓到，出手打晕了他，之后在他身上找到自己和忍者神龟家族的照片，于是把他带到神龟总部。之后凯西醒过来，开始解释自己这次前来是要用传送门钥匙阻止克朗入侵。听到凯西提到钥匙的事情，史林特回想起很久很久以前他们来到地球，被一群神秘人打入领域空间，他们就是传送门钥匙的制造者;由于拥有传送门钥匙这把秘密武器，脚族一直把他们奉若神明。随后神龟家族与爱普莉尔、史林特和凯西一起去找脚族，此时脚族已经开始打开传送门。之后克朗与神龟家族一行人打斗，神龟家族在打斗过程中失去超能力，计划撤退，但里奥拼死抢走钥匙，关闭了传送门。为了保护里奥，拉斐尔把他来拉走，结果被敌人俘获。之后双方分头展开行动，神龟家族和凯西去克朗那边就凯西，史林特和爱普莉尔留在总部保管钥匙。克朗从拉斐尔口中了解到神龟总部所在地，控制了脚族残部的身体，派他们去拿回钥匙，自己则在全纽约最高大楼地铁大楼(Metro Tower)楼顶准备传送门。神龟家族和凯西在地铁隧道遭遇埋伏，双方被迫分散。在去找其他神龟的路上，凯西指责里奥狂妄自大。之后两人找到拉斐尔，但拉斐尔已经被克朗控制身体，拿走了钥匙。克朗用拉斐尔带来的钥匙打开传送门，进入「技术场号」(Technodrome)飞船，开始攻击整个纽约市，并轻松击败前来的美军。爱普莉尔、史林特和凯西迎战克朗大军，神龟登上技术场号，其中里奥负责找拉斐尔，唐尼和米开去控制飞船，结果全都被俘获，但都逃了出来。三人逃脱后兵分两路，里奥去救拉斐尔，唐尼和米开去找回超能力。然而四人联合起来都无法对抗强大的克朗，米开、唐尼和拉斐尔全部被抛出船。里奥把克朗逼近维度监狱，命令凯西关闭传送门，结果传送门合拢时把飞船切成两半，飞船当场报废。里奥与克朗受困于维度监狱，克朗发狂般痛殴里奥，还好米开、拉斐尔和唐尼用米开新开发的超能力救走里奥，把克朗一个人留在维度监狱，从此再也不能入侵地球。不一会儿，几位英雄在布鲁克林大桥的桥顶享受披萨，凯西说之前加入脚族的新兵卡桑德拉·琼斯是他母亲。之后一行人看着重建中的城市，发誓要捍卫这个地方。之后拉斐尔打破了里奥的比萨饼盒纪录。
