2002年：这是最好的时代卧底警察陈永仁（梁朝伟饰）在黑社会老大韩琛（曾志伟饰）麾下潜伏两年，终于获派与神秘的内地商人沈澄（陈道明饰）商讨运毒交易，陈永仁却不知已踏进韩琛布下的陷阱。警司黄志诚（黄秋生饰）为了掩护陈永仁的卧底身份，黄与律政司交涉让陈会见心理医生李心儿（陈慧琳饰）进行心理辅导，结果李医生逐渐成为了陈永仁的精神支柱，两人更产生微妙关系。此时，韩琛却命令陈永仁进行一桩黑吃黑的走私交易，并企图对沈澄痛下杀手。陈永仁为了完成卧底任务，在不知被陷害的情形下，踏出最冒险的一步……2003年：这是最坏的时代陈永仁殉职后十个月，黑社会派入警方的卧底、内务部高级督察刘健明（刘德华饰）职权被架空，只负责琐碎的警署工作。眼看保安部的青年警司杨锦荣（黎明饰）成为警队内的新星，刘健明仿佛看见以前的自己。但更相似的是杨锦荣竟可能同是黑帮派入警队的卧底！刘健明多番追查，却总被一个神秘的瘸子阻挠，原来他竟是韩琛旧日的生意伙伴沈澄。在心理医生李心儿（陈慧琳饰）对内务部高级督察刘健明（刘德华饰）进行心理辅导后，刘健明的心里却因为良心不好，想做好人，刘健明慢慢认为自己是陈永仁，而一心想抓住刘健明（自己）。片尾，刘健明自尽后被救活成植物人，生理的反应以为自己还是陈永仁，所以手指不断敲打着摩斯电码。
