故事发生在一座名为星元市的小城市。市内的狮子尾山上，耸立着一个闪耀着彩色光芒的巨大物体——“摩诺之角”。这实际上是16年前“怪兽之日”事件后留下的“怪兽的角”。
“怪兽之日”事件让世界各地同时出现怪兽，从那时起，怪兽灾害变得司空见惯。日本的地球防卫队开始以武力应对怪兽，同时怪兽防灾科学调查所(统称SKIP)也为了预防和减轻怪兽灾害，进行科学调查和避难引导。时至今日，这个组织仍在不断调查“怪兽之日”事件的原因和城市中的“摩诺之角”。
7岁的优马在狮子尾山与父母露营时遭遇怪兽袭击，奇迹般地毫发无伤。此后，优马踏上了研究怪兽生物学的道路。尽管经历了痛苦的过去，但优马没有失去梦想，他依靠“想象的力量”成长起来，成为新手调查员并加入了SKIP，被分配到星元市分所。
正当此时，星元市发生了大规模的怪兽灾害。优马心中涌起强烈的保护欲望：“想要保护眼前这些穷途末路的人们!”就在这一瞬间，他脑海中浮现出儿时见过的光之使者“卢提昂”的声音：“我就是你，你就是我……释放你的想象力!”一束神秘之光包裹住优马的身体，释放出的想象力将光与人结合，守护未来的光之巨人“亚刻奥特曼”变身!
优马以及亚刻奥特曼，与重要的伙伴们一起，追逐着永不停歇的梦想，从现在开始奔跑!