漆黑的银幕上响起一个沙哑的声音："女巫真实存在，她们最痛恨的就是孩子。" 镜头缓缓亮起，年迈的老鼠英雄正对着围坐的孩子们讲述一个惊心动魄的往事。墙上的幻灯片映出变形的人影，空气中仿佛还残留着魔药的刺鼻气味。
故事回到1960年代的阿拉巴马州。失去双亲的小男孩（贾希尔·布鲁诺 饰）被送往祖母（奥克塔维亚·斯宾瑟 饰）的农庄。某个阴沉的午后，祖母剧烈咳嗽着从集市拽回男孩——他们刚刚遭遇了戴手套的神秘女人，而祖母认出了那是女巫的标志：长袖遮掩利爪，高跟鞋遮盖畸形的脚，假发下藏着溃烂的头皮。"她们会用糖果把小孩变成动物，"祖母颤抖着打开锁着的橱柜，里面塞满泛黄的魔法书和干枯药草。
为躲避女巫追踪，祖孙俩带着宠物鼠黛西入住海滨酒店。殊不知这里正举行着女巫集会，至高女巫（安妮·海瑟薇 饰）撕下人皮面具的瞬间，会议厅顿时充斥可怖景象：扭曲的肢体，倒生的獠牙，还有那瓶能将孩童变成老鼠的绿色魔药。当英国男孩布鲁诺吞下掺毒的巧克力时，躲在通风管的小男孩亲眼目睹了人体扭曲缩小的恐怖过程。
魔药溅落的脆响中，小男孩和黛西也变成了毛茸茸的小生灵。他们带着布鲁诺在女巫高跟鞋间亡命奔逃，黛西突然开口说话——原来她是一年前被变成老鼠的孤儿玛丽。祖母含泪将三个小鼠拥入怀中，他们发现魔药竟无法逆转。但小男孩蹭了蹭祖母的脸颊："当老鼠也挺好，至少能钻进任何地方。"
复仇计划在月夜展开。小鼠们叼着魔药潜入厨房，整瓶药剂坠入女巫们的豌豆汤。宴会厅瞬间大乱，华服贵妇们尖叫着化作满地灰鼠。当至高女巫在666号房亮出利爪时，没人注意到两只小老鼠正用捕鼠夹钳住她的脚踝。随着玻璃瓶划出完美弧线坠入咽喉，曾经不可一世的女巫首领最终被自己饲养的黑猫吞噬。
多年后的今夜，烛光映照着祖母皱纹里的笑意。她身旁的老鼠英雄甩着尾巴，展示装满魔药和金镑的旅行箱。世界各地的烟囱里，越来越多的小老鼠正带着特殊任务钻入人类的房屋。窗外新月如钩，新一轮猎巫行动即将开始。
（新增背景延伸）影片中女巫集会的场景令人联想起欧洲中世纪猎巫运动的真实历史。据《Malleus Maleficarum》记载，15世纪的女巫审判官同样相信女巫会变成动物害人。而片中反复出现的666房间号，正是《圣经》中象征恶魔的数字，暗示着女巫崇拜的撒旦信仰体系。